Plasticité Génomique Biodiversité Antibiorésistance

Notre équipe s’intéresse à l’émergence, à l’évolution et au succès épidémiologique des bactéries pathogènes. Nous développons 2 modèles d’étude :

– la résistance aux antibiotiques des Entérobactéries

– la biodiversité des Brucellaceae (Brucella & Ochrobactrum).

Nous étudions en particulier la diversité des éléments génétiques mobiles véhiculant les gènes de résistance aux antibiotiques : plasmides et éléments intégratifs conjugatifs. Nos travaux portent également sur les mécanismes moléculaires de dissémination des éléments génétiques mobiles de multirésistance : transfert horizontal et persistance. Nous réalisons ces études dans le contexte de l’évolution des génomes.

Nous étudions également la biodiversité du genre Brucella. Notre objectif est notamment de comprendre l’émergence de nouvelles espèces isolées de la faune sauvage et de l’environnement qui peuvent représenter un risque pour l’élevage et la santé publique. Nous portons également un intérêt pour les propriétés de surfaces (LPS & OMPs) des 2 genres proches Brucella et Ochrobactrum dans le cadre de leurs identifications et résistance. Nos travaux impliquent des approches phénotypiques, moléculaire et de génomique globale pour répondre à ces questions.

Equipe «PGBA» 

Resp. de l’équipe : Benoit DOUBLET

Correspondant GDR : B. DOUBLET, benoit.doublet@inra.fr

Adresse complète

ISP site 213, Centre INRA Val de Loire, 37380 Nouzilly

Code unité

UMR 1282

Tutelle(s)

INRA-Université François Rabelais de Tours

Adresse internet du laboratoire ou institut

https://www6.val-de-loire.inra.fr/infectiologie-santepublique

Detection of SGI1/PGI1 Elements and Resistance to Extended-Spectrum Cephalosporins in Proteae of Animal Origin in France

Schultz, E., Cloeckaert, A., Doublet, B., Madec, J.-Y., Haenni, M. (2017). Detection of SGI1/PGI1 Elements and Resistance to Extended-Spectrum Cephalosporins in Proteae of Animal Origin in France. Frontiers in Microbiology, 8, 32. DOI : 10.3389/fmicb.2017.00032

Multidrug resistance Salmonella genomic island 1 in a Morganella morganii subsp. morganii human clinical isolate

Schultz, E., Barraud, O., Madec, J. Y., Haenni, M., Cloeckaert, A., Ploy, M.-C., Doublet, B. (2017). Multidrug resistance Salmonella genomic island 1 in a Morganella morganii subsp. morganii human clinical isolate. mSphere, 2 (2), e00118-17. DOI : 10.1128/mSphere.00118-17

A toxin antitoxin system promotes the maintenance of the IncA/C-mobilizable Salmonella Genomic Island 1

Huguet, K. T., Gonnet, M., Doublet, B., Cloeckaert, A. (Auteur de correspondance) (2016). A toxin antitoxin system promotes the maintenance of the IncA/C-mobilizable Salmonella Genomic Island 1. Scientific Reports, 6, 1-10. DOI : 10.1038/srep32285

Dominant plasmids carrying extended spectrum β-lactamases blaCTX-M genes in genetically diverse Escherichia coli from slaughterhouse and urban wastewaters

Dupouy-Guiraute, V., Doublet, B., Arpaillange, N., Praud, K., Bibbal, D., Brugère, H., Oswald, E., Cloeckaert, A., Toutain, P. – L., Bousquet-Mélou, A. (2016). Dominant plasmids carrying extended spectrum β-lactamases blaCTX-M genes in genetically diverse Escherichia coli from slaughterhouse and urban wastewaters. Environmental Microbiology Reports, 8 (5), 789-797. DOI : 10.1111/1758-2229.12440

Survey of multidrug resistance integrative mobilizable elements SGI1 and PGI1 in Proteus mirabilis in humans and dogs in France

Schultz, E., Haenni, M., Mereghetti, L., Siebor, E., Neuwirth, C., Madec, J.-Y., Cloeckaert, A., Doublet, B. (2015). Survey of multidrug resistance integrative mobilizable elements SGI1 and PGI1 in Proteus mirabilis in humans and dogs in France, 2010-13. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 70 (9), 2543-2546. DOI : 10.1093/jac/dkv154

New broad -spectrum β- lactamases emerging among Enterobacteriaceae from healthy cats and dogs: a public health concern?.

Smet, A., Vaes, R., Praud, K., Doublet, B., Daminet, S., Cloeckaert, A., Haesebrouck, F. (2014). New broad -spectrum β- lactamases emerging among Enterobacteriaceae from healthy cats and dogs: a public health concern?. International Journal of Antimicrobial Agents, 44 (1), 81-82. DOI : 10.1016/j.ijantimicag.2014.03.006

Extended- spectrum β-lactamase- and AmpC β-lactamase-producing D-tartrate-positive Salmonella enterica serovar Paratyphi B from broilers and human patients in Belgium

Doublet, B., Praud, K., Tran Nguyen-Ho-Bao, Argudin, M. A., Bertrand, S., Butaye, P., Cloeckaert, A. (2014). Extended- spectrum β-lactamase- and AmpC β-lactamase-producing D-tartrate-positive Salmonella enterica serovar Paratyphi B from broilers and human patients in Belgium, 2008-10. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 69 (5), 1257-1264. DOI : 10.1093/jac/dkt504

Early strains of multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Kentucky sequence type 198 from Southeast Asia harbor Salmonella genomic island 1-J variants with a novel insertion sequence.

Le Hello, S., Weill, F.-X., Guibert, V., Praud, K., Cloeckaert, A., Doublet, B. (Auteur de correspondance) (2012). Early strains of multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Kentucky sequence type 198 from Southeast Asia harbor Salmonella genomic island 1-J variants with a novel insertion sequence. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 56 (10), 5096-5102. DOI : 10.1128/AAC.00732-12

Complete nucleotide sequence of the multidrug resistance IncA/C plasmid pR55 from Klebsiella pneumoniae isolated in 1969

Doublet, B., Boyd, D., Douard, G., Praud, K., Cloeckaert, A., Mulvey, M. R. (2012). Complete nucleotide sequence of the multidrug resistance IncA/C plasmid pR55 from Klebsiella pneumoniae isolated in 1969. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 67 (10), 2354-2360. DOI : 10.1093/jac/dks251

International spread of an epidemic population of Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 resistant to ciprofloxacin

Le Hello, S., Hendriksen, R. S., Doublet, B., Fisher, I., Nielsen, E. M., Whichard, J. M., Bouchrif, B., Fashae, K., Granier, S. A., Jourdan-Da Silva, N., Cloeckaert, A., Threlfall, E. J., Angulo, F. J., Aarestrup, F. M., Wain, J., Weill, F.-X. (2011) International spread of an epidemic population of Salmonella enterica serotype Kentucky ST198 resistant to ciprofloxacin. Journal of Infectious Diseases, 204 (5), 675-684. DOI : 10.1093/infdis/jir409

The Salmonella genomic island 1 is specifically mobilized in trans by the IncA/C multidrug resistance plasmid family

Douard, G., Praud, K., Cloeckaert, A., Doublet, B. (2010). The Salmonella genomic island 1 is specifically mobilized in trans by the IncA/C multidrug resistance plasmid family. PLOS One, 5 (12), e15302. DOI : 10.1371/journal.pone.0015302

Association of IS26-composite transposons and complex In4-type integrons generates novel multidrug resistance loci in Salmonella genomic island 1

DOUBLET, B., PRAUD, K., Weill, F., CLOECKAERT, A. (2009). Association of IS26-composite transposons and complex In4-type integrons generates novel multidrug resistance loci in Salmonella genomic island 1. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 63 (2), 282-289. DOI : 10.1093/jac/dkn500

Novel insertion sequence- and transposon-mediated genetic rearrangements in genomic island SGI1 of Salmonella enterica serovar Kentucky

DOUBLET, B., PRAUD, K., Bertrand, S., Collard, J.-M., Weill, F.-X., CLOECKAERT, A. (2008). Novel insertion sequence- and transposon-mediated genetic rearrangements in genomic island SGI1 of Salmonella enterica serovar Kentucky. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 52 (10), 3745-3754. DOI : 10.1128/AAC.00525-08

The Salmonella genomic island 1 is an integrative mobilizable element

Doublet, B., Boyd, D., Mulvey, M.R., Cloeckaert, A. (2005). The Salmonella genomic island 1 is an integrative mobilizable element. Molecular Microbiology, 55 (6), 1911-1924.

Enterobactéries, Eléments intégratifs et conjugatifs, plasmides, transferts horizontaux, LPS des Brucellaceae, génomique

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