BiosCiences

Parmi les axes de recherches du groupe, l’étude des PAM issus de micro-organismes (bactéries intestinales commensales de l’homme) représente un axe majeur. Nous développons également des études qui utilisent des PAM humains à activité immunomodulatrice (défensines et LL-37) ainsi que des PAM d’origine animale (PAM de venins notamment). Ainsi, le laboratoire a décrit des bactériocines RumA et C produites par la bactérie commensale Gram + Ruminococcus gnavus E1 avec une activité antiClostridium. La caractérisation structurale et la production in silico d’analogues et de mimétiques (synthèse et cyclisation chimique et expression hétérologue) du PAM RumC est en cours. Les travaux sur les PAM bactériens nous ont amené également à étudier le cross-talk entre espèces bactériennes commensales Gram(-) et Gram(+) responsables de leurs productions. Outre la caractérisation de l’activité antimicrobienne, anticancer et anti-inflammatoire de ces PAM d’origines diverses, nous étudions leurs mécanismes d’interactions avec les membranes biologiques des eucaryotes et procaryotes (monocouche, bicouche, liposomes). En utilisant les outils de biologie moléculaire (mutagénèse), de biochimie (caractérisation), de biophysique (tensiomètrie) et de chimie (synthèse, modification, cyclisation), nous avons pour objectifs :

1/ d’améliorer l’efficacité de ces molécules, 2/ de leurs conférer des propriétés nouvelles, 3/ d’améliorer leurs biodisponibilité (en terme d’absorption, de demi-vie, de tolérance/innocuité chez l’humain), 4/ de comprendre leur mécanisme d’action. L’obtention de PAM chimériques (PAM bactérien/bactérien, bactérien/humain, humain/humain) peut être une approche nouvelle.

Equipe « BiosCiences» 

Resp. de l’équipe : Dr.Thierry TRON

Correspondant GDR : Pr.Josette PERRIER, josette.perrier@univ-amu.fr

Adresse complète

 

Aix-Marseille Université – Centre de St Jérôme, Service 342

13397 Marseille Cedex 20

Code unité

UMR-CNRS 7313

Tutelle(s)

CNRS-AMU

Adresse internet du laboratoire ou institut

http://ism2.univ-amu.fr/fr/biosciences/les-thematiques-de-biosciences

Effect of Bacillus subtilis Strains on Intestinal Barrier Function and Inflammatory Response

Rhayat L, Maresca M, Nicoletti C, Perrier J, Brinch KS, Christian S, Devillard E, Eckhardt E. Effect of Bacillus subtilis Strains on Intestinal Barrier Function and Inflammatory Response. Front Immunol, 2019, Mar 29;10:564. doi: 10.3389/fimmu.2019.00564. eCollection 2019. PMID: 30984172.

Aurone derivatives as promising antibacterial agents against resistant Gram-positive pathogens

Olleik H, Yahiaoui S, Roulier B, Courvoisier-Dezord E, Perrier J, Pérès B, Hijazi A, Baydoun E, Raymond J, Boumendjel A, Maresca M, Haudecoeur R. Aurone derivatives as promising antibacterial agents against resistant Gram-positive pathogens. Eur J Med Chem, 2019, Mar 1;165:133-141. doi: 10.1016/j.ejmech.2019.01.022. PMID: 30665143.

Anti-Staphylococcal Enterotoxinogenesis of Lactococcus lactis in Algerian Raw Milk Cheese

Tetili F, Bendali F, Perrier J, Sadoun D. Anti-Staphylococcal Enterotoxinogenesis of Lactococcus lactis in Algerian Raw Milk Cheese. Food Technol Biotechnol, 2017, Dec;55(4):511-518. doi: 10.17113/ftb.55.04.17.5105. PMID: 29540985.

The rumen microbiome: an underexplored resource for novel antimicrobial discovery

Oyama LB, Girdwood SE, Cookson AR, Fernandez-Fuentes N, Privé F, Vallin HE, Wilkinson TJ, Golyshin PN, Golyshina OV, Mikut R, Hilpert K, Richards J, Wootton M, Edwards JE, Maresca M, Perrier J, Lundy FT, Luo Y, Zhou M, Hess M, Mantovani HC, Creevey CJ, Huws SA. The rumen microbiome: an underexplored resource for novel antimicrobial discovery. NPJ Biofilms Microbiomes, 2017, Dec 1;3:33. doi: 10.1038/s41522-017-0042-1. eCollection 2017. PMID:29214045.

Radical Copolymerization of Vinyl Ethers and Cyclic Ketene Acetals as a Versatile Platform to Design Functional Polyesters

Tardy A, Honoré JC, Tran J, Siri D, Delplace V, Bataille I, Letourneur D, Perrier J, Nicoletti C, Maresca M, Lefay C, Gigmes D, Nicolas J, Guillaneuf Y. Radical Copolymerization of Vinyl Ethers and Cyclic Ketene Acetals as a Versatile Platform to Design Functional Polyesters. Angew Chem Int Ed Engl, 2017, Dec 22;56(52):16515-16520. doi: 10.1002/anie.201707043. Epub 2017 Dec 4. PMID: 29105983.

Ruminococcin C, a new anti-Clostridium perfringens bacteriocin produced in the gut by the commensal bacterium Ruminococcus gnavus E1

Crost E.LH., Ajandouz E.H., Villard C., Geraert P.A., Puigserver A., Fons M. (2011) Ruminococcin C, a new anti-Clostridium perfringens bacteriocin produced in the gut by the commensal bacterium Ruminococcus gnavus E1. Biochimie 93:1487-94

Characterization and distribution of the gene cluster encoding RumC, an anti Clostridium perfringens bacteriocin produced in the gut

Pujol A., Crost E.H., Simon G., Barbe V., Vallenet D., Gomez A., Fons M. (2011) Characterization and distribution of the gene cluster encoding RumC, an anti Clostridium perfringens bacteriocin produced in the gut. FEMS Microbiol. Ecol. 78: 405-415.

Biophysical studies of the interaction of squalamine and other cationic amphiphilic molecules with bacterial and eukaryotic membranes. Importance of the distribution coefficient in membrane selectivity.

Di Pasquale E, Salmi C, Brunel JM, Sanchez P, Fantini J, Maresca M. (2010) Biophysical studies of the interaction of squalamine and other cationic amphiphilic molecules with bacterial and eukaryotic membranes. Importance of the distribution coefficient in membrane selectivity. Chem Phys Lipids 163(2):131-140.

Production of an antibacterial substance in the digestive tract involved in colonization-resistance against Clostridium perfringens

Crost E. H., Pujol A., Ladiré M., Dabard J., Raibaud P., Carlier J.P., and Fons M. (2010). Production of an antibacterial substance in the digestive tract involved in colonization-resistance against Clostridium perfringens. Anaerobe 16, 597-603.

Ruminococcus gnavus E1 modulates mucin expression and intestinal glycosylation

Graziani F., Pujol A., Nicoletti C., Dou S., Maresca M., Giardina T., Fons M., Perrier J. (2016). Ruminococcus gnavus E1 modulates mucin expression and intestinal glycosylation. Journal of applied microbiology doi:10.1111/jam.13095.

 

Production : Identification, Biosynthèse, Expression hétérologue, Synthèse chimique, Purification

Etudes Structurales et mécanistiques : Microscopie à fluorescence, Microscopie confocale, Microscopie électronique, Modélisation moléculaire, Modélisation par homologie & docking, Biologie structurale RMN,  Relation structure-activité.

Optimisation moléculaire : Bioinformatique, Mutagénèse aléatoire, Mutagénèse dirigée, Relations structure- activité

Interaction PAM- membrane : Monocouches, Bicouches, Micelles, Bicelles, Liposomes (SUV, LUV,…), Perméabilité membranaire & Analyse des flux

Test Biologiques : Tests antibactériens, Tests d’activité immunomodulatrice, Test de toxicité.

PAM et thérapeutique : PAM et résistance, Synergie PAM/PAM, Synergie PAM/antibiotiques conventionnels, Vectorisation, PAM chimériques

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